La storia del manga Naruto può essere divisa in due parti;
nella prima il protagonista è un ragazzino dodicenne, nella seconda, che si svolge due anni e mezzo più tardi, il giovane ha ormai 15 anni.
Nella serie animata la storia ha sostanzialmente lo stesso impianto, ma in alcuni punti sono state inserite delle puntate create allo scopo di ridare vantaggio al manga, che procede più lentamente dell'anime...

1. Introduzione: (capitoli 1-8, episodi 1-5), vengono presentati i protagonisti, Naruto, Sasuke, Sakura e Kakashi, e viene narrata la formazione del Team 7.
2. Paese delle Onde: (capitoli 9-33, episodi 6-19), il gruppo è in missione per proteggere Tazuna, il costruttore di ponti, da Gatoo, un imprenditore navale che vuole ucciderlo per impedirgli di costruire un ponte che gli toglierebbe il monopolio sul paese delle Onde. I protagonisti si scontrano con Zabuza Momochi e il suo compagno Haku.
3. Esame di selezione dei Chunin: (capitoli 34-114, episodi 20-67), Naruto, Sasuke e Sakura sono candidati da Kakashi a diventare Chunin. Vengono presentati molti personaggi chiave, tra cui Orochimaru, Kabuto, Gaara e Jiraiya.
4. L'invasione della foglia: (capitoli 115-138, episodi 68-80), Orochimaru attacca il villaggio della foglia assieme ai ninja del Villaggio del Suono e a quelli del Villaggio della Sabbia. Naruto si batte con Gaara e lo sconfigge; il Terzo Hokage affronta Orochimaru, e riesce a fermarlo a costo della vita.
5. Ritorno di Itachi: (capitoli 139-148, episodi 81-85), Itachi, fratello di Sasuke, torna al villaggio della foglia assieme a Kisame Hoshigaki(uno dei sette spadaccini della nebbia) per catturare Naruto. L'organizzazione di cui fa parte, Alba, infatti, gli ha ordinato di prendere la Volpe a Nove Code. Viene spiegata in parte la relazione fra Sasuke e il fratello. Sia Kakashi che Sasuke vengono sconfitti dallo Sharingan ipnotico di Itachi.In seguito i due membri dell'alba vengono attacati da Jiraya e sono costretti a scappare.
6. Tsunade: (capitoli 149-175, episodi 86-100), assieme a Naruto, Jiraiya parte alla ricerca di Tsunade, l'unica donna parte dei tre ninja leggendari, per offrirle il ruolo di Quinto Hokage. Nel frattempo, anche Orochimaru e Kabuto la cercano per curare le braccia del primo, paralizzate nello scontro con il Terzo Hokage.Ne verrà fuori una lotta all'ultimo sangue tra i 3 ninja legendari e Orochimaru sarà costretto alla fuga con Kabuto,in fin di vita per aver subito il Rasengan da Naruto
7. Inseguimento di Sasuke: (capitoli 176-238, episodi 107-135), Sasuke scappa dal Villaggio irretito da Orochimaru, che lo tenta offrendogli il potere di vendicare il suo clan e di uccidere suo fratello Itachi. Naruto, con Shikamaru Nara, Kiba Inuzuka, Neji Hyuga e Choji Akimichi, lo insegue, e per riportarlo indietro, affronta il Quartetto del Suono e Kimimaro, con l'aiuto di Gaara, Kankuro e Temari. Con il fallimento della missione ed il ritorno di Naruto al Villaggio si conclude la prima parte del manga.
8. Kakashi Gaiden: (capitoli 239-244), viene narrata la storia di Kakashi durante la Guerra dei Ninja. Viene rivelata anche l'origine del suo Sharingan (dono di Obito Uchiha).

1. Reintroduzione: (capitoli 245-247, episodi 1-3), due anni e mezzo più tardi, Naruto, più grande e più forte, ritorna al Villaggio dopo essere stato addestrato da Jiraiya. Qui reincontra Sakura e Kakashi, e parecchi altri personaggi.
2. Il Salvataggio di Gaara: (capitoli 248-281, episodi 4-32), Gaara, divenuto Kazekage, viene rapito da Deidara e Sasori, due membri di Alba, che vogliono il tasso demoniaco contenuto nel suo corpo. Il team Kakashi, assieme al team Gai e alla nonna di Sasori, Chiyo, si reca in missione per salvarlo.Sakura e Chiyo riusciranno a sconfiggere Sasori, Kakashi e Naruto recupereranno Gaara che verrà resuscitato da Chiyo ad un caro prezzo (la sua vita).
3. Ritorno al Villaggio: (capitoli 282-284, episodi 33-34), per aver utilizzato lo Sharingan ipnotico, Kakashi non può muoversi, e al team si aggiungono temporaneamente , un membro della squadra speciale, come capitano, e Sai, membro della Radice, al posto di Sasuke.
4. Sasuke e Sai: (capitoli 285-310, episodi 35-53), il team Kakashi cerca di catturare una spia di Sasori infiltrata fra i seguaci di Orochimaru. La missione fallisce quando la spia, Kabuto, si rivela ancora fedele ad Orochimaru; Naruto si batte con il membro dei tre ninja supremi. Il team Kakashi attacca poi la base di Orochimaru all'inseguimento di Sai, che li ha traditi per ordine del suo superiore, Danzo. Riappare Sasuke, notevolmente più potente,che rivela di essere disposto a cedere il suo corpo ad Orochimaru pur di ottenere il potere di uccidere il fratello.
5. La Vendetta di Shikamaru: (capitoli 311-342, episodi 54-?) Naruto inizia un nuovo allenamento per creare una tecnica originale. Nel frattempo Alba cattura i demoni a due e tre code, distrugge un tempio nel Paese del Fuoco, e scontrandosi con i ninja della Foglia, Kakuzu e Hidan uccidono Asuma Sarutobi. Shikamaru ed il Team 10, capitanato da Kakashi, intendono vendicare la morte di Asuma, e si scontrano con Hidan e Kakuzu. Shikamaru riesce a battere Hidan, mentre per affrontare Kakuzu è necessario l' intervento del team 7. Naruto coglie i frutti del suo allenamento speciale e grazie alla sua nuova tecnica riesce a battere facilmente Kakuzu.
6. Alla ricerca di Itachi Uchiha (capitoli 343-367) Sasuke decide che Orochimaru non ha più nulla da insegnargli e per questo, approfittando del suo momento di debolezza dovuto al rigetto dell'attuale corpo, lo attacca e lo uccide. In seguito Sasuke libera Suigetsu, un prigioniero di Orochimaru. Si aggiunge al gruppo anche una sottoposta di Orochimaru, Karin, e insieme liberano Juugo, origine del Segno Maledetto. Sasuke fonda il Team Hebi e svela lo scopo della sua missione, trovare Itachi Uchiha. il team Hebi, il team 8 (con capitano Kakashi) e il team Yamato partono alla ricerca di Itachi. Deidara e Tobi incontrano Sasuke, il quale, dopo un lungo scontro, spinge Deidara all'autodistruzione. Tobi sopravvive e si scopre che probabilmente è lui a muovere le fila di Alba. Vengono rivelati i volti e i nomi di Pain, e di Konan, e i nomi della madre di Naruto, Kushina Uzumaki e del padre, Namikaze Minato; Sasuke si scontra col fratello ma questi riesce a scappare, intimando al fratello di raggiungere il rifugio segreto degli Uchiha, dove potranno concludere il loro scontro.
7. Jiraiya e Pain (capitoli 368-383): Jiraya si infiltra nel villaggio della Pioggia per scoprire informazioni su Pain; viene rivelata l'infanzia dei tre orfani della Pioggia Konan, Nagato e Yahiko. Jiraiya muore dopo un lungo scontro con Pain anche se questi riesce a scoprire la vera natura di pain e a scriverla in un messaggio cifrato sulla schiena di un rospo.
8. Corrente (capitoli 384-?): Inizia lo scontro finale tra i due fratelli Uchiha, Sasuke e Itachi. Intanto Tobi tiene impegnati i gruppi di Konoha e Kisame tiene impegnati i restanti membri del Team Hebi. Dopo un lungo combattimento Sasuke sta per essere privato degli occhi da suo fratello, ma a causa di un malore Itachi si accascia a terra e muore, quando tobi viene a sapere della notizia si reca sul posto dello scontro e preleva i corpi dei due Uchiha. Al risveglio di Sasuke, Tobi dice di raccontargli la verità su Itachi, e si toglie la maschera.